Die Kühlung von Thunfischkonserven im Autoklaven sollte mit chloriertem Wasser erfolgen, das nach dem Kontakt mit den Behältern einen Restgehalt an freiem Chlor von 0,5 bis 2,0 ppm aufweist. Es ist wichtig, eine strenge Kontrolle dieser Chlorkonzentration für jede sterilisierte Charge Thunfischkonserven durchzuführen. Die Abkühlung sollte sehr schnell erfolgen und in der Mitte des Behälters in weniger als 10 Minuten 40°C oder weniger erreichen, je nach Größe des Behälters. Dieses Verfahren ist entscheidend, um zu verhindern, dass Sporen thermophiler Mikroorganismen, die den Sterilisationsprozess überlebt haben, zu lebensfähigen Zellen mutieren, die das verpackte Produkt verändern. Darüber hinaus verhindert die richtige Kühlung, dass die Dosen feucht werden und das Risiko einer Oxidation besteht.
Um eine Verformung der Behälter während der Abkühlung im Autoklaven zu vermeiden, wird die Verwendung von chloriertem Trinkwasser bei einem Druck von 10 – 12 lb/in^2 mit Druckluft empfohlen. Die endgültige Kühltemperatur sollte unter 35°C liegen. Es ist wichtig, die Behälter nach dem Abkühlen vorsichtig zu handhaben, um die Integrität des versiegelten und thermisch verarbeiteten Behälters zu schützen.