El enfriamiento de los envases de conserva de atún en el autoclave debe realizarse utilizando agua clorada con cloro libre residual de 0.5 a 2.0 ppm después de su contacto con los envases. Es importante llevar a cabo un control estricto de esta concentración de cloro por cada lote de conservas esterilizado. El enfriamiento debe ser muy rápido, alcanzando los 40°C o menos en el centro del envase en menos de 10 minutos, dependiendo del tamaño del envase. Este procedimiento es crucial para evitar que las esporas de los microorganismos termófilos que han sobrevivido al proceso de esterilización puedan mutar a células viables que alteren el producto envasado. Además, un enfriamiento adecuado ayuda a evitar que las latas queden húmedas y con riesgos de oxidación.
Para evitar la deformación de los envases durante el enfriamiento en el autoclave, se recomienda el uso de agua potable clorinada a una presión de 10 – 12 lb/pulg^2 con aire comprimido. La temperatura final de enfriamiento debe ser de menos de 35°C, y es importante manejar los envases de manera cuidadosa después del enfriamiento para proteger la integridad del envase sellado y procesado térmicamente.