تعد جودة المياه المستخدمة في تعقيم الحاويات مهمة جدًا لضمان سلامة وجودة المنتج المعبأ. بشكل عام ، يجب أن يكون الماء المستخدم في تعقيم الحاويات طريًا ، أي يحتوي على تركيز منخفض من الأملاح وموصلية كهربائية منخفضة. بالإضافة إلى ذلك ، يوصى بأن يكون الرقم الهيدروجيني للماء بين 7.00 و 8.00 وأن لا تزيد صلابته عن 10 درجات فهرنهايت.
من المهم أن يتم معالجة المياه المستخدمة في تعقيم الحاويات معالجة مناسبة لتجنب وجود الكائنات الحية الدقيقة التي يمكن أن تلوث الحاويات. لهذا ، يوصى بغسل الحاويات وشطفها بالماء الساخن قبل وضعها في الأوتوكلاف. يجب أن تكون المنظفات المستخدمة في هذا النوع من التنظيف محايدة بالنسبة للحاويات.
في حالة تعقيم الحاويات بالماء ، وإذا تم إعادة تدوير هذه المياه – التي تمت معالجتها لصلابتها – فمن المهم التحقق على فترات منتظمة من بعض الخصائص الفيزيائية والكيميائية ، من أجل التحكم في الاختلافات التي تتعلق بعسر الماء ، ودرجة الحموضة ، ومحتوى الكلوريدات ، والنترات ، إلخ.
بالإضافة إلى ذلك ، من المهم ألا يكون تبريد الحاويات بعد عملية التعقيم مفرطًا ، نظرًا لأنه عند 40 درجة مئوية ، لا تزال الحاويات تحتفظ بما يكفي من الحرارة الكامنة للتجفيف التلقائي. لا ينبغي أن تكون المعالجة بالكلور في مياه التبريد لتجنب إعادة تلوث الحاويات بعد المعالجة عاملاً يساعد على التآكل طالما أن الكلور النشط الحر لا يتجاوز ما بين 2 و 3 مجم / لتر وقت استخدامه ، أي قل وقت ملامسة الحاويات التي يتم تبريدها. يجب أن يظل هذا المحتوى تحت السيطرة والتحقق منه على فترات منتظمة.