Il raffreddamento dei contenitori di tonno in scatola nell’autoclave deve essere effettuato utilizzando acqua clorata con un residuo di cloro libero compreso tra 0,5 e 2,0 ppm dopo il contatto con i contenitori. È importante effettuare un controllo rigoroso di questa concentrazione di cloro per ogni lotto di tonno in scatola sterilizzato. Il raffreddamento deve essere molto rapido, raggiungendo i 40°C o meno al centro del contenitore in meno di 10 minuti, a seconda delle dimensioni del contenitore. Questa procedura è fondamentale per evitare che le spore dei microrganismi termofili sopravvissuti al processo di sterilizzazione mutino in cellule vitali che alterano il prodotto confezionato. Inoltre, un raffreddamento adeguato aiuta a evitare che i barattoli diventino umidi e a rischio di ossidazione.

Per evitare la deformazione dei contenitori durante il raffreddamento in autoclave, si raccomanda l’uso di acqua potabile clorata a una pressione di 10 – 12 lb/in^2 con aria compressa. La temperatura finale di raffreddamento deve essere inferiore a 35°C ed è importante maneggiare con cura i contenitori dopo il raffreddamento per proteggere l’integrità del contenitore sigillato e trattato termicamente.