在高压灭菌器中冷却金枪鱼罐头容器时，应使用与容器接触后游离氯残留量为 0.5 至 2.0 ppm 的氯化水。 必须严格控制每一批金枪鱼罐头的氯浓度。 冷却应非常迅速，容器中心温度应在 10 分钟内达到或低于 40°C（视容器大小而定）。 这一程序对于防止在灭菌过程中存活下来的嗜热微生物孢子变异成有活力的细胞从而改变包装产品至关重要。 此外，适当的冷却还有助于防止罐头受潮和氧化。
为避免容器在高压灭菌器中冷却时变形，建议使用压力为 10 – 12 磅/英寸^2 的氯化饮用水和压缩空气。 最终冷却温度应低于 35°C，冷却后必须小心处理容器，以保护经过热处理的密封容器的完整性。
