Для охлаждения контейнеров с консервированным тунцом в автоклаве следует использовать хлорированную воду с остаточным содержанием свободного хлора от 0,5 до 2,0 ppm после контакта с контейнерами. Важно строго контролировать эту концентрацию хлора для каждой партии стерилизованного тунца. Охлаждение должно быть очень быстрым, достигая 40°C или ниже в центре контейнера менее чем за 10 минут, в зависимости от размера контейнера. Эта процедура крайне важна для того, чтобы споры термофильных микроорганизмов, переживших процесс стерилизации, не мутировали в жизнеспособные клетки, которые изменят упакованный продукт. Кроме того, правильное охлаждение помогает предотвратить отсыревание банок и риск их окисления.

Чтобы избежать деформации контейнеров во время охлаждения в автоклаве, рекомендуется использовать хлорированную питьевую воду под давлением 10 — 12 фунтов на дюйм^2 с помощью сжатого воздуха. Окончательная температура охлаждения должна быть ниже 35°C, и важно аккуратно обращаться с контейнерами после охлаждения, чтобы сохранить целостность запечатанного и термически обработанного контейнера.