O resfriamento dos recipientes de atum enlatado na autoclave deve ser feito com água clorada com um residual de cloro livre de 0,5 a 2,0 ppm após o contato com os recipientes. É importante realizar um controle rigoroso dessa concentração de cloro para cada lote de atum enlatado esterilizado. O resfriamento deve ser muito rápido, atingindo 40°C ou menos no centro do recipiente em menos de 10 minutos, dependendo do tamanho do recipiente. Esse procedimento é fundamental para evitar que os esporos de microrganismos termofílicos que sobreviveram ao processo de esterilização se transformem em células viáveis que alterarão o produto embalado. Além disso, o resfriamento adequado ajuda a evitar que as latas fiquem úmidas e corram o risco de oxidação.

Para evitar a deformação dos contêineres durante o resfriamento na autoclave, recomenda-se o uso de água potável clorada a uma pressão de 10 a 12 lb/in^2 com ar comprimido. A temperatura final de resfriamento deve ser inferior a 35°C, e é importante manusear os recipientes com cuidado após o resfriamento para proteger a integridade do recipiente selado e processado termicamente.