オートクレーブでのツナ缶容器の冷却は、容器との接触後の残留遊離塩素が0.5～2.0ppmの塩素処理水を使用する。 この塩素濃度をツナ缶の殺菌バッチごとに厳密に管理することが重要である。 冷却は、容器の大きさにもよるが、10分以内に容器の中心部で40℃以下に達するよう、非常に急速でなければならない。 この手順は、殺菌工程を生き延びた好熱性微生物の芽胞が、包装された製品を変質させる生菌に変異するのを防ぐために極めて重要である。 さらに、適切に冷却することで、缶が湿気を帯び、酸化の危険にさらされるのを防ぐことができる。
オートクレーブでの冷却中の容器の変形を避けるため、圧縮空気で10～12 lb/in^2の圧力で塩素処理した飲料水の使用を推奨する。 最終冷却温度は35℃以下とし、密封され熱処理された容器の完全性を保護するため、冷却後の容器を注意深く取り扱うことが重要である。
