يجب أن يتم تبريد حاويات التونة المعلبة في الأوتوكلاف باستخدام ماء معقم بالكلور مع بقايا كلور حر بنسبة 0.5 إلى 2.0 جزء في المليون بعد ملامسة الحاويات. من المهم إجراء رقابة صارمة على تركيز الكلور هذا لكل دفعة من التونة المعلبة المعقمة. يجب أن يكون التبريد سريعًا جدًا، بحيث يصل إلى 40 درجة مئوية أو أقل في وسط الحاوية في أقل من 10 دقائق، اعتمادًا على حجم الحاوية. هذا الإجراء ضروري لمنع جراثيم الكائنات الحية الدقيقة المحبة للحرارة التي نجت من عملية التعقيم من التحول إلى خلايا قابلة للحياة من شأنها أن تغير المنتج المعبأ. وبالإضافة إلى ذلك، يساعد التبريد المناسب على منع رطوبة العلب وتعرضها لخطر الأكسدة.
لتجنب تشوه الحاويات أثناء التبريد في الأوتوكلاف، يوصى باستخدام مياه الشرب المكلورة عند ضغط 10 – 12 رطل/في ^2 مع الهواء المضغوط. يجب أن تكون درجة حرارة التبريد النهائي أقل من 35 درجة مئوية، ومن المهم التعامل مع الحاويات بعناية بعد التبريد لحماية سلامة الحاوية المختومة والمعالجة حراريًا.